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    之后艾伦使用巨人化的力量将被超大型巨人踹破的巨石堵住墙的洞口，封锁了巨人的入侵路线。自此，人类第一次从巨人手上夺回了土地，这是人类对抗巨人的首次胜利。

    作战结束之后，艾伦被囚禁在审判所之下。达里斯扎卡里总统做为议长召开军事法庭会议，进行攸关艾伦性命的审判。

    最后艾伦被人气配角兵长吊打一顿后，被交由调查兵团管理。

    知晓艾伦拥有巨人化能力的反派改变初时的计划，重新制定的计划为带艾伦回到“故乡”。

    率先对艾伦出手的是阿尼，在动画第十七集，兵团外出调查的时候，其巨人化后的女巨人以凌驾于军马之上的超快移动速度，吸引其他低级巨人尾随进攻。

    在巨形森林的战斗之中，艾伦巨人化与其对战，被女巨人阿尼使用格斗技击败。

    由于捕捉女巨人作战以失败收场，调查兵团牺牲过多而导致不到一日便归返。此后艾伦被中央政府下令交给宪兵团。

    此时的男二阿明根据在巨型森林中看见的女巨人会使用格斗技和她只是杀人而并不吃人，并且拥有智慧，所以被阿明确定为是有巨人之力的人类。之后阿明根据阿尼使用别人的立体装置，直接将目标锁定在了她的身上。

    之后调查兵团的长官根据阿明的判断，制定下了第二次的女巨人捕捉作战。阿尼身份被阿明当场揭穿后其巨人化后与调查兵团作战，因误伤平民后放弃战斗开始逃跑，最终逃跑失败，在即将被擒之际回忆起父亲的嘱托，抑制不住自己的感情而流泪，并使用超硬质水晶将自己封印，后被调查兵团关押在地下最深处。

    而艾伦等人被召回王都的事情也因此被取消了，调查兵团扭转了绝望的局势。

    到这就是动画第一季的结局了，之后的剧情全是漫画的。

    即另外两个卧底与人类社会的巨人，莱纳布朗和贝特霍尔德胡佛为了将拥有巨人化能力的阿尼和艾伦带走，变为铠之巨人及超大型巨人，与调查军团交战。

    莱纳，贝特霍尔德在成功带走艾伦和尤弥尔后因为体力消耗过大而暂时在巨木森林中休息并躲避联合部队的追赶，阿尼受这两人的笼络同意加入巨人阵营。
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